1924年,新疆大学的前身——新疆俄文法政专门学校创立,拉开了新疆高等教育的序幕。
1935年,学校改建为新疆学院。抗日战争期间,俞秀松、林基路等一批共产党人和文学家茅盾、哲学家张仲实、艺术家赵丹等一批进步人士来校任教,提出了“以民族为形式,以马列为内容”的教育思想,掀起了轰轰烈烈的抗日救国宣传活动,学校被誉为“抗大第二”。
1950年,新疆省人民政府将原省语文学院并入新疆学院,并将新疆学院更名为新疆民族学院。1954年,将新疆民族学院复名为新疆学院。
1955年,高等教育部部长杨秀峰到新疆学院视察工作时,指示以新疆学院为基础筹建新疆大学。1959年5月,高等教育部决定由北京大学、清华大学、西北大学等院校支援新疆大学的成立工作。1960年,新疆大学正式成立,学校跨入了新的发展时期。
1978年,学校被国务院确定为全国第一批88所重点高等院校之一,16所综合性重点大学之一。1997年,学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。
2000年,新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。原新疆工学院的前身是1953年中苏共同创办的中苏有色金属公司矿山技术学校,1954年,苏联将学校股份移交我国,学校改为自办,更名为乌鲁木齐矿业学校。1958年建成新疆矿冶学院,隶属冶金工业部,1966年更名为新疆工学院。
2004年,学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2012年,学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。
2017年,进入全国首批42所一流大学建设高校行列。2018年,确定为教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校。
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